Фундаментальна наукова діяльність розпочалася з організації 1 січня 1971 року Тернопільського фінансово-економічного інституту. Першим проректором з наукової роботи в новоорганізованому ТФЕІ став кандидат економічних наук, доцент М. С. Григорович, який працював на цій посаді до 1976 року. Його наступниками були доктори економічних наук, про­фесори М. М. Олексієнко, І. Г. Яремчук, З. В. Гуцайлюк, А. Ф. Мельник. З 2010 року цю посаду обіймає З.-М. В. Задорожний.

26 квітня 1971 року з метою організації проведення науково-дослідних робіт для підприємств і організацій на госпдоговірних засадах у Тернопільському фінансово-економічному інституті наказом Міністерства вищої і середньої спеціальної освіти УРСР (№ 248) було створено науково-дослідний сектор. Першим очільником підрозділу став кандидат технічних наук Володимир Іванович Патерикін, який, будучи фахівцем з радіоелектроніки, надавав значну увагу дослідженням цього спрямування, за короткий строк створивши колективи дослідників на чолі з А. О. Саченком, Я. В. Бучинським, З. І. Домбровським та іншими нині знаними дослідниками. На той час технічна тематика в дослідженнях набула значного розвитку, господарські договори з наукових досліджень укладались з підприємствами, іншими науковими організаціями на тривалі терміни. Період становлення науково-дослідного сектору у той час ознаменувався створенням низки новітніх приладів для різних галузей народного господарства, в тому числі й для оборонних цілей, було отримано ряд свідоцтв на винаходи.

З лютого 1973 року по жовтень 1977 року сектор очолював Юліан Іванович Матенчук. У цей період значного розвитку набула економічна тематика наукових досліджень, що було пов’язане із укріпленням профільних кафедр науково-педагогічними кадрами вищої кваліфікації – докторами і кандидатами економічних наук. З жовтня 1977 року по березень 1984 року НДС очолював Володимир Михайлович П’єх, а з березня 1984 року по березень 1986 року – Вербінський Михайло Миколайович. Це період характерний найбільшим обсягом госпдоговірних наукових досліджень для потреб народного господарства, який досяг понад 1 млн. карбованців. Творчі наукові колективи розробили методику впровадження оперативно-бухгалтерсько­го (сальдового методу) обліку матеріалів (науковий керівник – Михайло Семенович Пушкар); техніко-економічне обґрун­тування організації та функціонування малого державно-кооперативного підприємства (науковий керівник – Євген Васильович Савельєв); комплексну систему уп­равління якістю продукції (науковий керівник – Віктор Абрамович Пінхасик); оптимальну схему розвитку і розміщення підприємств машинобудування Мінбудматеріалів УРСР (науковий керівник – Богдан Миронович Лит­вин), а також науково обґрунтовані рекомендації щодо вдосконалення використання оборотних коштів для підприємств Міністерства лісової і дере­вообробної промисловості УРСР, Прилуцького і Броварського заводів пластмас, Нікопольської нит­кової фабрики, протезної промисловості Міністер­ства охорони здоров’я УРСР, Тернопільського виробничо-аграрного об’єднання цукрової промис­ловості, виробничого об’єднання «Тер­нопільський комбайновий завод» та Львівського ВО «Кінескоп» (наукові керівники – М. М. Олекієнко,  В. Л. Андрущенко, Л. Г. Капшій, Я. П. Шумелда, Н. В. Парижак ); з удосконалення організації сільськогосподарського виробництва (науковий керівник – С. Л. Дусановський, М. К. Пархомець); з формування фондів нагромадження і споживання сільськогосподарських підприємств Бережанського та Лановецького районів (науковий керівник –  П. Я. Хомин) та ін.

У 1984 році спільним наказом Міністерства електронної промисловості СРСР (№ 188 від 19.03.84 р.) і Міністерства вищої і середньої спеціальної освіти УРСР (№ 111 від 11.04.84 р.) було створено галузеву науково-дослідну лабораторію автоматизованих систем збору і обробки інформації. Співробітники цієї лабораторії та госпдоговірних тем, які виконувались під керівництвом Анатолія Олексійовича Саченка, зіграли дуже важливу роль в процесах комп’ютеризації усіх ділянок діяльності на всіх етапах становлення і розвитку університету.

Біля п’ятнадцяти років (з березня 1986 року до грудня 2000 року) підрозділ очолював Валерій Омелянович Благуляк. Цей період був ознаменований подальшим розвитком наукових досліджень, які були спрямовані на розробку та вдосконалення програмно-технічного і метрологічного забезпечення автоматизованих систем управління технологічними процесами та підприємством. У 1994 році спільним наказом Тернопільського інституту народного господарства та Тернопільським виробничим об’єднанням «Оріон» та заводом «Квантор» лабораторію автоматизованих систем збору і обробки інформації було реорганізовано в галузеву науково-дослідну лабораторію автоматизованих систем та мереж. У наступному році науково-дослідний сектор був перейменований у інформаційно-аналітичний центр, а з 10 травня 2001 року – в науково-дослідний сектор (наказ № 232 від 10.05.01 р.).

Починаючи з 1992 року і донині здійснюється вико­нання науково-дослідних робіт, що фінансуються за рахунок коштів державного бюджету МОН України. Наукову і практичну зацікавленість становлять роз­робки у наступних сферах:

фінансів, грошового обігу та кредиту (наукові керівники: С. І. Юрій, А. І. Крисоватий, О. П. Кириленко, В. Г. Дем’янишин, О. В., Дзюблюк, О. М. Десятнюк);

обліку, аналізу та аудиту (на­укові керівники: Б. М. Литвин, З. В. Гуцайлюк, С І. Шкарабан, М. С. Пушкар, І. Д. Фаріон, Я. Д. Крупка, З.-М. В. Задорожний);

організації управління та регулювання економікою на макро- і мезорівнях (наукові керівники: А. Ф. Мельник, І. Й. Гладій, В. В. Козюк, Г. Л. Монастирський;);

еко­номіки підприємств (наукові керівники: О. А. Устенко, В. І. Гринчуцький, П. С. Харів, В. Я. Брич);

менеджменту та маркетингу (наукові керівники: Є. В. Савельєв, О. М. Сохацька, Н. П. Тарнавська, М. Я. Матвіїв, Т. М. Борисова);

світового господарства і міжна­родних економічних відносин (наукові керівники: Є. В. Савельєв, І. О. Іващук, Р. Є. Зварич);

економіки сільського господарства і АПК (наукові керівники: С. Л. Дусановський, Т. Г. Дудар, І. Г. Яремчук, А. М. Стельмащук, , М. К. Пархомець, П. Я. Хомин);

економіко-математичного моделювання, комп’ютерних систем і мереж та засобів штучного інтелекту (наукові керівни­ки: А. О. Саченко, М. О. Недашковський, М. П. Дивак, В. В. Кочан, З. І. Домбровський, Я. М. Николайчук, О. М. Березький, В. В. Яцків, І. Ф. Войтюк, Д. І. Загородня);

проєктування інноваційних систем національ­ної освіти (науковий керівник: А. В. Фурман);

новітніх технологій і ресурсозберігаючих технологій в енергетиці, промисловості та АПК (науковий керівник: Р. Б. Гевко);

ма­теріалознавства (науковий керівник: Ю. В. Дзядикевич, І. Г. Добротвор).

З 1 січня 2001 року начальником підрозділу став Валерія Іванович Письменний. В цей період наш ЗВО бере участь у виконанні науково-дослідних робіт, які фінансуються за рахунок коштів державного бюджету Міністерством освіти і науки України. У цей час щорічно нарощується обсяг науково-дослідних робіт. У 2003-04 роках вкотре була удосконалена організаційно-функціональна структура наукової та науково-технічної діяльності Академії народного господарства і, наказом ректора від 31 березня 2004 року (№ 207), науково-дослідний сектор був реорганізований в науково-дослідну частину. У період з жовтня 2013 року по липень 2018 року підрозділ мав назву науково-дослідний інститут інноваційного розвитку та державотворення. З 2013 по 2018 роки керівниками були Віктор Валерійович Козюк, Григорій Леонардович Монастирський (двічі), Олександр Володимирович Длугопольський, Василь Федорович Мартинюк. З липня 2018 року підрозділ знову очолив Валерій Іванович Письменний, який, будучи випускником ТФЕІ, працює у цій структурі з 1978 року.

З 2002 року наукова діяльність університету узго­джується з науковими напрямами Західного наукового центру НАН України і МОН України. У наступ­ному році було створено і функціонує донині Науково-координаційна рада Західного наукового центру НАН України і МОН України у Тернопільській області, яку очолював С. І. Юрій. У грудні 2002 року створено Економічну раду Тернопільської області, до якої ввійшли керівники нашого ЗВО, а університет виз­начено базовою установою в комісіях: «Інституційна база та інституційні перетворення» і «Зовнішньо­економічна діяльність і туризм». У 2003 році університет спільно з ДУ «Інститут  регіональних досліджень імені М. І. Долішнього НАН України», Інститутом економіки і менеджменту Національ­ного університету «Львівська політехніка», Львівським торговельно-економічним університетом, Луцьким національним технічним університетом, Волинським національним університетом імені Лесі Українки, Львівсь­ким банківським інститутом НБУ, Державною вищою школою технологій та економіки імені Кс. Броніслава Маркевича в Ярославі (Польща), ГО «Інститут транскордонного співробітництва та європейської інтеграції» став фундатором науково-навчального комплексу «Економосвіта».

З метою сприяння забезпеченню розвитку науко­вої та науково-технічної діяльності університету 20 листопада 2002 року було створено науково-технічну раду з головних напрямів наукових досліджень. До її складу увійшли керівники на­укових шкіл, провідні вчені університету.

Починаючи з 2004 року в університеті сформовано якісно нову організаційно-функціональну структуру науко­вої та науково-технічної діяльності, яка реалізує елементи інтеграції вузівської та ака­демічної науки. Зокрема, у різні роки створювалися і успішно функціонували і функціонують: Інститут експериментальних систем освіти, НДІ методології та освітології, НДІ інтелектуальних комп’ютерних систем, НДЦ «Економіка вищої освіти» Інституту вищої освіти АПН України, Науковий інститут управління проєктами, Науко­во-дослідний центр історії грошей, Центр досліджень контролінгу, Відділ проблем управління комплекс­ним соціально-економічним розвитком регіону, Нау­ково-інформаційно-консультативний центр «Добрі справи», Відділ інтелектуальної власності, Центр «Наукові студії глобального розвитку».

Сьогодні науково-дослідна частина – це структурний підрозділ Західноукраїнського національного університету, яка функціонує для здійснення фундаментальних досліджень та прикладних наукових розробок з пріоритетних напрямів розвитку науки і техніки за рахунок коштів загального фонду державного бюджету та науково-дослідних, дослідно-конструкторських робіт за господарськими договорами з підприємствами і організаціями.  Основну увагу у своїй діяльності підрозділ зосереджує на організаційно-методичному забезпеченні проведення науково-дослідних робіт. Згідно плану науково-дослідних робіт це передбачає: а) фундаментальні дослідження та прикладні розробки, які фінансуються з державного бюджету Міністерством освіти і науки України; б) науково-дослідні роботи, які виконуються на основі господарських договорів на створення (передачу) науково-технічної продукції з підприємствами (організаціями); в) спільні наукові проєкти з закордонними партнерами; г) науково-дослідні роботи, які виконуються в межах основного робочого часу професорсько-викладацького персоналу. Щорічно затверджується Тематичні плани НДР, проводиться державна реєстрація цих робіт; створений Єдиний банк даних на електронних  носіях.

На сьогодні замовниками наукової продукції учених ЗУНУ є управління  екології та природних ресурсів Тернопільської ОДА; департамент економічного розвитку і торгівлі Тернопільської ОДА; управління сім’ї, молодіжної політики та захисту дітей Тернопільської міської ради;  ряд сільських, селищних рад Західного регіону України; КПТМ «Тернопільміськтеплокомуненерго»  Тернопільської міської ради; ДП «Газпостач» ТОВ «Тернопільміськгаз»; ТзОВ «Інститут мікропроцесорних систем керування об’єктами електроенергетики»; ТОВ «Інститут біомедичних технологій» та ще понад пів сотні підприємств, організацій та суб’єктів підприємницької діяльності.

Упродовж останніх років значно зріс обсяг науково-дослідних робіт за рахунок коштів загального та спеціального фондів, що нині становить біля 5 млн. гривень у рік; 15 провідних науковців університету отримують ступінь доктора наук щорічно; кожного навчального року біля півсотні студентів університету стають переможцями Всеукраїнського конкурсу студентських наукових робіт в галузі природничих, суспільних і гуманітарних наук; університет є засновником десяти фахових наукових видань України, одне з яких індексується у науко метричній базі Скопус, а 9 – входять до категорії «Б».

Науково-дослідна частина здійснює координацію роботи щодо розвитку творчих зв’язків з науковими установами НАН України, АПН України, ЗВО, Управлінням освіти і науки Тернопільської ОДА та Тернопільської міської ради, зарубіжними університетами, а також  в організації проведення наукових, науково-практичних, науково-методичних семінарів, конференцій професорсько-викладацького складу, молодих вчених та студентів, студентських олімпіад,  конкурсів студентських науково-дослідних робіт.

У різні роки працівниками підрозділу були, які сьогодні знані в Україні науковці: професори і доценти нашого та багатьох інших закладів вищої освіти Микола Іванович Шинкарик, Зеновій-Михайло Васильович Задорожний, Ольга Павлівна Кириленко, Микола Кирилович Пархомець, Михайло Романович Лучко, Ніна Іванівна Дорош, Андрій Ярославович Кізима, Олександра Семенівна Братко, Анатолій Михайлович Тибінь, Маркіян Теодорович Щирба, Богдан Іванович Яворський, Андрій Федорович Карачка, Володимир Іванович Яворський, Валентин Васильович Смиричинський, Федір Семенович Кіщак, Павло Дмитрович Дудкін, Олена Павлівна Дудкіна, Тамара Миколаївна Попович та ін.  Багаторічними працівниками НДЧ, які внесли значний вклад у становлення та успішне п’ятдесятирічне функціонування науково-дослідного підрозділу нашого університету, були Зінченко Ірина Олексіївна, Яремчук Марія Дмитрівна,  Майборода Олександра Миколаївна,  Демуш Віра Олександрівна, Верещак Тетяна Олександрівна, Марків Володимир Михайлович, Лещук Михайло Іванович, Рубіна Світлана Борисівна, Єлістратова Людмила Володимирівна, Патра Світлана Олексіївна, Саган Лариса Георгіївна, Ліфанова Павліна Олексіївна, Цетнар Ганна Володимирівна, Монєтова Людмила Володимирівна  та ін.